انقلاب اسلامی به همان اندازه برای زرتشتیان باقی‌مانده حادثه به‌شمار می‌رفت و تعداد آن‌ها را کاهش داد.[۸۱][۸۲] در زمان نخست‌وزیری مهدی بازرگان انقلابیون مسلمان به آتشکدهٔ زرتشتیان تهران هجوم آورده و قاب عکس زرتشت را پایین کشیده و تصویر آیت الله خمینی را جایگزین آن کردند.[۸۳] ایران به همراه عربستان سعودی و سودان توسط سازمان ملل و سازمان‌های غیردولتی به عنوان بدترین کشورها در زمینهٔ آزادی ادیان معرفی شده‌اند. اقلیت‌های دینی در ایران قادر به نماینده شدن برای انتخابات مجلس (به جز کرسی ویژه خودشان) نیستند. همچنین آنان نمی‌توانند به مقامات بالای دولتی و نظامی برسند. آنان همچنین از تبعیض در نظام حقوقی رنج می‌برند. دیهٔ آنان کمتر و مجازات‌های آنان سنگین تر از مسلمانان است. مردان مسلمان می‌توانند با زنان غیر مسلمان ازدواج کنند اما مردان غیر مسلمان قادر به ازدواج با زنان مسلمان نیستند.[۸۴][۸۵]
انقلاب اسلامی به همان اندازه برای زرتشتیان باقی‌مانده حادثه به‌شمار می‌رفت و تعداد آن‌ها را کاهش داد.[۸۱][۸۲] در زمان نخست‌وزیری مهدی بازرگان انقلابیون مسلمان به آتشکدهٔ زرتشتیان تهران هجوم آورده و قاب عکس زرتشت را پایین کشیده و تصویر آیت الله خمینی را جایگزین آن کردند.[۸۳] ایران به همراه عربستان سعودی و سودان توسط سازمان ملل و سازمان‌های غیردولتی به عنوان بدترین کشورها در زمینهٔ آزادی ادیان معرفی شده‌اند. اقلیت‌های دینی در ایران قادر به نماینده شدن برای انتخابات مجلس (به جز کرسی ویژه خودشان) نیستند. همچنین آنان نمی‌توانند به مقامات بالای دولتی و نظامی برسند. آنان همچنین از تبعیض در نظام حقوقی رنج می‌برند. دیهٔ آنان کمتر و مجازات‌های آنان سنگین تر از مسلمانان است. مردان مسلمان می‌توانند با زنان غیر مسلمان ازدواج کنند اما مردان غیر مسلمان قادر به ازدواج با زنان مسلمان نیستند.[۸۴][۸۵]
یک ستاره‌شناس زرتشتی به نام ملا گشتاسپ سقوط زندیان به دست قاجاریان را در کرمان پیشگویی کرده بود. به همین علت زرتشتیان کرمان از آزار سپاهیان آقا محمد خان قاجار در امان ماندند. علی‌رغم این حادثه، زرتشتیان در دوران قاجار نیز شاهد ظلم و کاهش تعداد پیروانشان بودند. حتی در دوران حکومت آقا محمد خان، بسیاری از زرتشتیان در آذربایجان کشته یا اسیر شدند.[۶۵] زرتشتیان از دوران قاجار به عنوان یکی از بدترین بازه‌های زمانی یاد می‌کنند.[۶۶] بسیاری از خارجیانی که در آن زمان از ایران بازدید کردند گزارش‌هایی از وضع رقت بار زرتشتیان داده‌اند.[۶۶][۶۷] آبراهام والنتاین ویلیامز جکسون نوشته‌است که زرتشتیان در خطر همیشگی آزار توسط مسلمانان زندگی می‌کردند.[۶۸] ادوارد براون چنین گفته که دیوار خانه‌های زرتشتیان باید از دیوار خانه‌های مسلمانان کوتاه‌تر می‌بود و آنان باید خانه‌هایشان را با علامت‌های خاصی نشان دار می‌کردند.[۶۹] زرتشتیان نمی‌توانستند خانهٔ جدید بسازند یا خانهٔ خود را تعمیر کنند.[۶۷][۷۰] روش‌های مختلفی برای تبلیغ اسلام به کار برده می‌شد. مثلاً اگر یکی از اعضای خانواده به اسلام می‌گروید، کلیهٔ میراث به وی تعلق داشت.[۶۷][۷۰][۷۱] زرتشتیان اجازهٔ کار در مشاغل پر درآمد را نداشتند.[۶۷] جامعهٔ زرتشتی نجس و غیرقابل لمس شناخته می‌شد.[۶۷] زرتشتیان و غذاهایشان نجس درنظر گرفته می‌شدند.[۶۶][۶۷] آنان از بسیاری از خدمات عمومی جامعه محروم بودند. هنگامی که آنان در بازار خرید می‌کردند حق دست زدن به میوه‌ها و خوردنی‌ها را نداشتند.[۵۸] آنان مورد ضرب و شتم قرار می‌گرفتند و مکان‌های مذهبیشان مکرراً مورد اهانت قرار می‌گرفت.[۶۷] تهدید و آزار به امری روزمره برای آنان تبدیل شده بود.[۷۲] زرتشتیان اغلب در کوچه‌ها مورد ضرب و شتم مسلمانان قرار می‌گرفتند.[۵۸] قتل زرتشتیان مجازاتی در پی نداشت.[۶۷] دختران زرتشتی ربوده می‌شدند و مجبور به پذیرش اسلام و ازدواج با مسلمانان می‌شدند.[۷۱] زرتشتیان برای لباس پوشیدن نیز تحت تبعیض قرار داشتند.[۶۶][۶۷] آنان اجازهٔ پوشیدن لباس‌های نو و سفید رنگ را نداشتند[۶۷] و مجبور به پوشیدن لباس‌های مندرس زرد رنگ بودند تا از دیگران تشخیص داده شوند.[۱۶][۶۷][۷۰] آنان اجازهٔ پوشیدن پالتو را نداشتند و به جای آن مجبور به پوشیدن قبا و گیوه حتی در زمستان بودند.[۵۸] عینک زدن،[۶۶] پوشیدن ردای بلند، شلوار، کلاه، چکمه،[۵۸] جوراب، پیچیدن عمامهٔ تمییز و تنگ،[۷۳] همراه داشتن ساعت یا حلقه[۷۴] همگی برای زرتشتیان ممنوع بودند. در روزهای بارانی آنان مجاز به داشتن چتر[۶۶] یا حضور در انظار عمومی نبودند. زیرا طبق نظر مسلمانان آبی که به بدن و لباس آنان برخورد می‌کرد می‌توانست باعث نجاست مسلمانان شود. زرتشتیان در یزد هنگام رفتن به خانهٔ مسلمانان مجبور به قرار دادن شالی در زیر پایشان بودند تا از نجس شدن فرش‌ها جلوگیری شود.[۵۸] آنان همچنین از اسب سواری نیز محروم بودند[۱۶][۶۷][۶۹][۷۰] و تنها می‌توانستند قاطر یا الاغ برانند.[۶۶][۶۷]) هنگام مواجهه با یک مسلمان آنان باید پیاده می‌شدند. محرومیت اسب سواری زرتشتیان در سال ۱۹۲۳ میلادی توسط رضا شاه برداشته شد.[۷۵] زرتشتیان مجبور به پرداخت مبالغ هنگفتی به عنوان جزیه بودند.[۶۶] منابع زرتشتی از تحقیر مالیات دهندگان تحت عنوان کافر ذمی سخن گفته‌اند. مأمور دریافت مالیات ضربه‌ای به گردن فرد زرتشتی می‌زده و سپس سوار وی می‌شده‌است. مردم به دیدن این منظره دعوت می‌شدند.[۷۶] مالیات گیرندگان، زرتشتیان را به خاطر پوشیدن بند کستی مسخره می‌کردند و آن بند را پاره کرده و دور گردن فرد زرتشتی می‌انداختند.[۷۷] با توجه به فساد مسئولین مالیاتی، در آن زمان دو یا حتی تا سه برابر رقم اعلام شده جزیه دریافت می‌شد زیرا هر واسط جمع‌آوری ملیات، سهمی از آن پول می‌خواست. اگر خانواده‌ای قادر به پرداخت جزیه نبود، فرزندانش مورد ضرب و شتم قرار می‌گرفتند و کتاب‌های مذهبیشان سوزانده می‌شدند. به علت شرایط بسیار بد زرتشتیان، برخی از آنان به ظاهر مسلمان شده و نام اسلامی برگزیدند اما در خفا به انجام اعمال دینی زرتشتی می‌پرداختند. امروزه زرتشتیان به این گروه «جدید» می‌گویند. در پاسخ به این تبعیضات و جداسازی‌ها، جامعه زرتشتی حالت بسته و درونگرا به خود گرفت.[۶۶] در دوران قاجار قتل‌عام زرتشتیان ادامه یافت. آخرین موارد ثبت شده در روستاهای اطراف برازجان و ترک آباد در نزدیکی یزد ثبت شده‌اند. امروزه روستایی در نزدیکی برازجان در نزد مردم محلی قتلگاه نامیده می‌شود.[۶۵] نام‌های خانوادگی ترک، ترکی، ترکیان و ترک آبادی نشان دهندهٔ اصل و نسب بازماندگان کشتار در ترک آباد است. در دههٔ ۱۸۵۰ میلادی، آرتور دو گوبینو، سفیر فرانسه در ایران نوشته‌است: "فقط ۶٬۰۰۰ نفر از آنان (زرتشتیان) باقی مانده‌اند و تنها یک معجزه می‌تواند آن‌ها را از انقراض نجات دهد. اینان بازماندگان نسلی هستند که روزگاری بر دنیا فرمانروایی می‌کرد"[۷۸] با توجه به میزان بالای ظلم و ستم، بسیاری از زرتشتیان جرئت سفری خطرناک به هندوستان را یافتند. آنان که نمی‌توانستند هزینهٔ سفر با کشتی را بپردازند، از صحراهای بی آب و علف مسیرشان با الاغ یا حتی پای پیاده گذشتند.[۲۸] در هند آنان با سدره و کستی خود شناخته شدند و توسط برادران پارسی خود پناه داده شدند. آنان دومین جامعهٔ بزرگ مهاجر ایرانی در هند را تشکیل دادند که به آن‌ها ایرانی گفته می‌شود.
زرتشتیان دوران سختی را در زمان حکومت صفویان گذراندند و بارها با آزار و تغییر اجباری دین روبه رو شدند.[۵۷] صفویان می‌خواستند که آنان را مجبور به پذیرش مذهب شیعه کنند. اهل سنت هم مجبور بودند که تشیع را بپذیرند یا کشته شوند.[۵۸] زرتشتیان نجس و کافر خوانده می‌شدند.[۵۹] در دوران صفویان شاهد تلاش‌هایی برای تغییر دین زرتشتیان و ارمنیان هستیم که به ویژه روی مجازات‌های اقتصادی آنان (به‌طور مثال آنان در تاجرات ادویه سهیم بودند) تمرکز می‌کرد.[۶۰] در اوایل قرن ۱۶ میلادی، شاه عباس زرتشتیانی را در حاشیهٔ پایتخت جدیدش اصفهان ساکن کرد. مناطقی را که زرتشتیان در آن‌ها سکونت داشتند، گبر محل، گبرآباد یا گبرستان می‌نامیدند. اروپاییانی که از آن مناطق بازدید کرده‌اند در مورد گبرها (واژهٔ تحقیر آمیزی که مسلمانان به زرتشتیان نسبت می‌دادند) زندگی فقیرانه و سادهٔ ساکنان آن جا را تأیید کرده‌اند.[۶۱] ترس از هتک حرمت مقدسات زرتشتیان توسط مسلمانان موجب شد که زرتشتیان آتش مقدسان را مخفی کنند و با گویش اختراعی تازه‌ای به نام دری سخن بگویند. پادشاهان بعدی صفویه از شاه عباس ملایمت کمتری نشان می‌دادند. علامه محمد باقر مجلسی از سلطان حسین خواست تا حکم به تغییر اجباری دین زرتشتیان کند.[۶۲] آنان که از این حکم سر باز می‌زدند کشته می‌شدند. در کتاب مینوی خرد نوشته شده که زرتشتیان توسط اکثریت شیعه مورد آزار و اذیت قرار گرفتند و عبادتگاه‌های آنان تحت تهدید مداوم نابود شدند.[۶۳] در سال ۱۷۰۷ زمانی که کرنلیوس دبروین از اصفهان بازدید کرد، زرتشتیان دیگر قادر به انجام آزادانهٔ اعمال دینیشان نبودند. وی گزارش کرده که محروم‌ترین زرتشتیان به اصفهان آورده شده بودند و از سه سال پیش به اجبار دین اسلام را پذیرفته بودند.[۶۴] در سال ۱۸۲۱ رابرت کر پورتر که از اصفهان بازدید می‌کرد گزارش کرد که تعداد بسیار کمی زرتشتی در اصفهان زندگی می‌کنند و گبرآباد ویران شده‌است. برخی دیگر از زرتشتیان هم به مناطق کردنشین تحت کنترل عثمانی مهاجرت کردند.
سامانیان اشراف‌زادگان زرتشتی بودند که داوطلبانه دین اسلام و مذهب سنی را پذیرفته بودند. در زمان حکومت آنان که حدوداً ۳۰۰ سال از حملهٔ مسلمانان به ایران می‌گذشت، آتشکده‌های زرتشتی هنور هم در بیشتر استان‌های ایران مانند خراسان، کرمان، سجستان و سایر مناطق ایران یافت می‌شدند.[۲۰] طبق گفتهٔ محمد بن عبدالکریم شهرستانی حتی در بغداد نیز آتشکده‌هایی وجود داشتند. علی بن حسین مسعودی تاریخ‌نگار عرب متولد بغداد چنین آورده که: دین زرتشتی برای مدت‌ها در بیشتر مناطق ایران رواج داشت نه تنها در مناطقی که دیر به سلطهٔ مسلمانان درآمدند (مانند طبرستان) بلکه در مناطقی که به زودی توسط مسلمانان تسخیر شده بودند. تقریباً در همهٔ استان‌های ایران آتشکده‌ها یافت می‌شدند و مجوسان (به گفتهٔ وی) آتشکده‌های بسیاری را در عراق، فارس، کرمان، سیستان، خراسان، طبرستان و کوه‌های آذربایجان و آران داشتند. وی همچنین استان سند و شبه قارهٔ هند را نیز به این مجموعه افزود. این گفته‌های مسعودی توسط جغرافیدانان قرون وسطی که از آتشکده‌های ایران یاد کرده بودند تأیید شد
